（一）马拉松路线（42.195公里）
南京奥林匹克体育中心东门（起点）—江东中路（逆行）（右转）—梦都大街（顺行）（左转）—凤台南路（顺行）（右转）—应天大街（顺行）（左转）—雨花路（全幅）（右转）—东干长巷（全幅）（左转）—中华路（全幅）（左转）—白下路（全幅）（右转）—中山路（顺行）（右转）—长江路（全幅）（直行）—汉府街（全幅）（左转）—龙蟠中路（逆行，过珠江路路口后顺行）（右转）—龙蟠路（顺行，过太平路路口后逆行）（左转）—玄武湖公园绿道—玄武门—神武路（全幅）（左转）—板井巷（全幅）（左转）—中央路（顺行）（右转）—模范马路（顺行）（右转）—淮滨路（全幅）（右转）—江边南路（全幅）（直行）—江边路（全幅）（左转）—宝塔桥四街（全幅，过长江大桥下后逆行）（右转）—象山路（逆行）（左转）—燕江路（逆行）（直行）—永济大道（逆行，路中绿化带结束后，全幅）（右转）—和燕路（全幅）（左转）—燕津大道（全幅）（右转）—燕南路（顺行，折返处折返）—燕南路（顺行）（右转）—燕津大道（全幅）—燕子矶滨江公园（终点）
（二）迷你健康跑路线（约5公里）
南京奥林匹克体育中心东门（起点）-江东中路（逆行）（左转）-梦都大街（逆行）（左转）江苏大剧院北门（左转）-江苏大剧院东环路（全幅）-江苏大剧院南门（左转）-奥体大街（逆行）（左转）-江东中路（逆行）-南京奥林匹克体育中心东门（终点）